Cerkiew Kijowska po roku 1054 – kiedy to nastąpiło zerwanie jedności Konstantynopola z Rzymem – utrzymywała nadal łączność z biskupem Rzymu. O zachowaniu jedności dobitnie świadczy chociażby fakt uczestnictwa metropolity Kijowa Petra Akernowycza na soborze w Lyonie w 1245 r., jak również koronacja w 1253 r. w Drohiczynie na króla ruskiego księcia Danyła Halickiego dokonana przez legata papieskiego.
Na życie religijne państwa Rusi Kijowskiej miały wpływ burzliwe wydarzenia XIII wieku. W wyniku najazdów tatarskich w 1240 r. upadł Kijów. Życie polityczne Rusi-Ukrainy przeniosło się na zachodnie tereny. W szybkim czasie powstały konkurujące ze sobą dwa ośrodki polityczne księstwo Halicko-Wołyńskie oraz Włodzimierz nad Klaźmą. Na skutek zmian i zawirowań politycznych następuje przeniesienie siedziby metropolii kijowskiej z Kijowa na północ do Włodzimierza nad Klaźmą, a następnie w połowie XV wieku do Moskwy. Metropolici tam urzędujący zachowali jednak tytuł metropolity kijowskiego. W księstwie Halicko-Wołyńskim w 1303 r. utworzono co prawda metropolię z siedzibą w Haliczu, ale w 1347 r. została ona zlikwidowana, a struktury cerkiewne zostały podporządkowane metropolicie kijowskiemu.
Pomimo takiej sytuacji politycznej i schizmy z 1054 r., hierarchowie Kościoła Kijowskiego utrzymywali kontakty ze Stolicą Apostolską. W obradach soboru w Konstancji brał udział ruski metropolita Cambałk, który opowiedział się za jednością Rzymu z Wschodnimi Kościołami. Podobne stanowisko reprezentował na soborze w Ferrarze i Florencji metropolita Izydor, który zaliczał się do gorących zwolenników unii i był jednym z jej głównych budowniczych. Unia Florencka bowiem dobitnie akcentowała równość wschodniego i zachodniego chrześcijaństwa. Po powrocie z soboru do Moskwy nie znalazł tam jednak poparcia dla idei unii.
W 1448 r. północna część metropolii kijowskiej odłączyła się, ogłaszając autokefalię cerkwi moskiewskiej. Cerkiew moskiewska uniezależniła się od patriarchy konstantynopolitańskiego, co skutkowało w 1589 r. powstaniem patriarchatu moskiewskiego. Podział metropolii oznaczał formalne oderwanie się Moskwy od Kijowa i otwarcie nowej epoki w dziejach metropolii kijowskiej i całej Rusi. Siedzibą metropolii ponownie stał się Kijów. W skład metropolii kijowskiej weszły diecezje: briańsko-czernihowska, smoleńska, połocka, turowsko-pińska, łucka, włodzimierska, przemyska, chełmska, halicka.
Zdobycie Konstantynopola w 1453 r. i upadek Bizancjum w sposób widoczny odbiło się na dalszych losach Cerkwi Kijowskiej. Znacznie zmniejszyła się rola patriarchy Konstantynopola. Te i inne przyczyny doprowadziły do tego, że zaczął się okres silnego kryzysu i upadku cerkwi na Rusi. Proces ten starały się powstrzymać zarówno mieszczanie, jak i magnaci. Ich działalność doprowadziła do ożywienia życia religijnego i kulturalnego. Wiązało się to przede wszystkim z zakładaniem bractw cerkiewnych, które dążyły do podniesienia poziomu moralnego, duchownego i intelektualnego duchowieństwa oraz wiernych. Pod ich patronatem powstawały szkoły średnie oraz drukarnie. Bractwa powstawały w wielu miastach Rusi, a ich rola systematycznie rosła.